La diagnosi di infezione da molluschi contagiosi è nella maggior parte dei casi clinica e generalmente le lesioni vengono trattate con semplice escissione mediante cucchiaio tagliente (curette), con o senza anestesia locale; talvolta può essere utilizzata la crioterapia con azoto liquido oppure l’applicazione di preparazioni a base di acido salicilico.
Esistono poi forme disseminate nel soggetto HIV-positivo che sono difficili da trattare e tendono a recidivare malgrado i trattamenti aggressivi (elettrocoagulazione, laser a CO2). In qualche caso le lesioni regrediscono con il trattamento anti-HIV.